Upprunareglan er sú regla sem höfð er til grundvallar og unnið er eftir við meðferð og frágang skjalasafna. Hún felur í sér að hverju skjalasafni er haldið aðgreindu frá öðrum skjalasöfnum og upprunalegri röðun skjalanna er haldið óbreyttri, en þeim ekki raðað að nýju eftir einhverju öðru kerfi.
Í tengslum við upprunareglu er einnig talað um svokallaðan seinni uppruna í skjalasöfnum. Þá er átt við það að þegar t.d. ein stofnun tekur við af annarri (t.d. vegna niðurlagningar eða að verkefni færast milli stofnana) að þá renna stundum skjöl síðustu ára inn í skjalasafn nýju stofnunarinnar. Þar öðlast þau nýjan uppruna hjá nýrri stofnun. Gæta verður þess að halda þeim skjölum, sem færast til nýrrar stofnunar, aðskildum frá öðrum skjölum svo ávallt sé ljóst hver uppruni þeirra er.