Hugtakið skjalaflokkunarkerfi er skráningaraðferð sem notuð er í skjalasafni afhendingarskylds aðila til að tryggja rétt samhengi upplýsinga. Notuð eru mismunandi skjalaflokkunarkerfi til að halda utan um ólíka skjalaflokka. Algeng skjalaflokkunarkerfi, sem notuð eru hjá afhendingarskyldum aðilum, eru t.d. málalykill sem heldur utan um málasafn og bókhaldslykill sem heldur utan um bókhald.